Il est le fils de Ferdinand Ier de Gonzague, marquis de Castiglione (1544-1586), seigneur puis marquis de Castiglione et de Marta Tana de Santena (1550-1605) et l'aîné d'une famille de dix enfants.
En 1581, à l'âge de treize ans, il devient page à la cour de Philippe II d'Espagne. Le 2 novembre 1585, il renonce solennellement à la succession de son père au profit de son frère aîné Rodolphe et part pour Rome. Par l'entremise du comte d'Olivarès, ambassadeur d'Espagne auprès du Saint-Siège, il est présenté au pape Sixte Quint qui le fait admettre, le 25 novembre 1585, au collège romain de la Compagnie de Jésus, puis devient novice jésuite. Il prononcera ses v½ux solennels, deux ans après, le 25 novembre 1587. Le 25 février 1588, il reçoit la tonsure et exerce la fonction d'ostiaire (portier). Puis, avec le temps, il exercera les fonctions de lecteur[2], d'acolyte et d'exorciste. Il passera la majeure partie de sa courte vie entre prières, études et ½uvres de charité.
Le 21 juin 1591, atteint par la peste alors qu'il secourait des malades au cours d'une épidémie, il meurt, âgé de seulement vingt-trois ans.
Il a été béatifié le 12 mai 1604, lors d'un synode à Mantoue, par le pape Clément VIII.
Il a été canonisé le 26 avril 1726 par le pape Benoît XIII.
Sa fête liturgique est le 21 juin. Saint Aloysius de Gonzague est le saint patron de la jeunesse catholique.
